埼玉県川越市の特定社労士、宮原です。

就業規則もeGov（電子申請）にて届出が行えます。就業規則を電子申請にて届出する際の留意点は１点、労働者代表の「意見書」はeGov上で作成するのではなく、紙面で用意し、スキャンしpdf化したものを添付ファイルとして（社労士の電子証明書を付記して）アップするということだと思われます。

労働者代表の「意見書」もeGov上で作成できるのですが、これを利用する場合、労働者代表の電子証明書が必要となります。労働者代表から電子証明書をお預かりすることは通常ないので、実務上は、上記のとおり紙の「意見書」をpdf化したものを使うことになります。